差速离心分辨能力较差，一般不能获得理想纯度，沉淀不能达回收。

对于有活性料，需要认真选择RCF与离心时间，否则受过大离心力的压力作用，有些颗粒受挤压而变形甚至破裂失去活性。生物颗粒表面由于一些大分子等以三级结构相互接触，紧紧挤压在一起，形成不可逆的氢键结合、粘黏，使原有活性消失或减退，形成废品饼子，所以形成沉淀的离心力绝不是越大越好。

差速离心中样品的产率与纯度是矛盾的，要求纯度高、产率就会低。